姓名：郭立

职称： 副教授

职位： 无

地址：西安交通大学兴庆校区彭康楼103室

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2006 to 2012     博士     美国宾夕法尼亚州立大学植物病理学 

2002 to 2006     学士     西北农林科技大学植物保护学院  

2016/10 to present     副教授 西安交通大学

2012/03 to 2016/09    博士后 美国马萨诸塞大学生化和分子生物学系

系统生物学，基因组学，生物信息学。

Guo L and Ma LJ (2014) Fusarium graminearum Genomics and Beyond. Genomics of Plant-Associated Fungi: Monocot Pathogens, eds Dean RA, Lichens-Park A, & Kole C (Springer Berlin Heidelberg), pp 103-122. 

1. Guo L, Winzer T, Yang X, Li Y, Ning Z, He Z, Teodor R, Lu Y, Bowser TA, Graham IA, Ye K. (2018). The opium poppy genome and morphinan production. Science. 362(6412): p. 343-347.

2. Zhao G, Guo L, Zhang Y, Gao L, Ma LJ. (2018). Identifying TF binding motifs from partial target gene sets and its application to regulatory network inference. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 10.1109/TCBB.2018.2882377

3. Deiulio GA, Guo L, Zhang Y, Goldberg JM, Kistler HC, Ma L-J. (2018). Kinome expansion in the Fusarium oxysporum species complex driven by accessory chromosomes. mSphere 3: e00231-18. doi.org/10.1128/mSphere .00231-18.  

4. Zhang Y, Guo L, Ma LJ. (2018) A computational protocol to analyze metatranscriptomic data capturing fungal–host interactions. Wenbo Ma and Thomas Wolpert (eds.), Plant Pathogenic Fungi and Oomycetes. Methods Molecular Biology. 1848:207-233

5. Ye K, Guo L, Yang X, Lamijer EW, Raine K, Ning Z. (2018) Split-Read Indel and Structural Variant Calling Using PINDEL. Derek Bickhart (ed.), Copy Number Variants: Methods and Protocols, Methods in Molecular Biology.1833:95-105. 

6. Chaisson, M.J.P., Sanders, A.D., Zhao, X., Malhotra, A., Porubsky, D., Rausch, T., Gardner, E.J., Rodriguez, O., Guo, L., Collins, R.L., et al (2017). Multi-platform discovery of haplotype-resolved structural variation in human genomes. bioRxiv. doi:https://doi.org/10.1101/193144 

7. Guo L, Zhao G, Gao L, Xu JR, Kistler HC, Ma LJ. (2016) Compartmentalized gene regulatory network of a pathogenic fungus Fusarium graminearum. New Phytologist. 211(2): 527-541. 

8. Guo L, Breakspear A, Zhao G, Gao L, Kistler HC, Xu JR, Ma LJ. (2016) Conservation and divergence of the cyclic adenosine monophosphate–protein kinase A (cAMP–PKA) pathway in two plant-pathogenic fungi: Fusarium graminearum and F. verticillioides. Molecular Plant Pathology 17(2): 196-209. 

9. Guo L, Allen KS, Deiulio GA, Zhang Y, Wick RL, Ma LJ (2016) A de-novo-assembly-based pipeline for data mining in plant obligate parasite metatranscriptomic studies. Frontiers in Plant Science. 7:925. doi: 10.3389/fpls.2016.00925 

10. Guo L, Wenner N, Kuldau GA. (2016) FvSO regulates vegetative hyphal fusion, asexual growth, fumonisin B1 production, and virulence in Fusarium verticillioides. Fungal Biology 119(12): 1158-1169. (Ph.D Thesis work)

11. Wyenandt CA, Simon JE, Pyne RM, Homa K, McGrath MT, Zhang S, Raid RN, Ma LJ, Wick R, Guo L, Madeiras, Angela M. (2015) Basil Downy Mildew (Peronospora belbahrii): Discoveries and Challenges Relative to Its Control. Phytopathology 105(7): 885-894. 

12. Guo L, Blatt, A., Geiser, D., Jiménez-Gasco, M. D. M. and Kuldau, G. (2015) Mating type and spore killing characterization of Fusarium verticillioides strains. Mycological Progress. 14: 1-6. (Ph.D Thesis work)

13. Zhao G, Guo L, Ma LJ, Gao L (2014) Inferring regulatory networks through orthologous gene mapping. 2013 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), Shanghai China, pp 76-83. DOI: 10.1109/BIBM.2013.673273 

[1] 禾谷镰刀菌动态基因调控网络的构建和致病性模块的挖掘（项目编号 31701739），项目来源：国家自然科学基金青年项目。项目期限：2018年1月1日-2020年12月31日，主持。

[2] 尖孢镰刀菌基因调控网络的构建和分析。（项目编号：2017M623188）.项目来源：中国博士后科学基金会。项目期限：2018年1月-2020年1月。 主持。

[3] 精准医学大数据的有效挖掘与关键信息技术研发。项目来源：国家重点研发计划（科技部）。项目期限：2018年7月1日-2020年12月31日。参与。

[4] 基因组复杂变异的检测算法和应用（项目编号：31671372）。项目来源：国家自然科学基金面上项目。项目期限：2017年1月-2020年12月，参与。

[1] 国际上首次破译了鸦片罂粟的基因组：采用多种前沿测序技术和模型算法，获得了国际上首个高质量鸦片罂粟的全基因组草图，揭示了罂粟物种进化历史中的主要基因组加倍和变异重组事件，阐明了吗啡类生物碱合成基因簇的形成机制，为进一步研究利用罂粟的药用价值奠定了重要基础。研究成果发表于国际顶级期刊《Science》。

[2] 国际上首次获得植物致病菌的全基因组水平基因调控网络：采用机器学习和系统生物学研究方法，对海量基因表达数据进行挖掘分析，预测了控制病原菌基本生命过程的基因调控网络模块和关键调控因子，对高效控制疾病发生和治疗提供理论指导。研究成果发表于国际著名期刊《New Phytologist》。