职称： 教授

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2008/07-2009/06，英国欧洲生物信息学研究所，博士后

2004/01-2008/12，荷兰莱顿大学医学院，博士

2000/09-2003/06，武汉大学，硕士

1995/09-1999/06，武汉大学，本科生

2017/05-至今，荷兰莱顿大学，客座教授

2016/02-至今，西安交通大学，电子与信息工程学院，教授

2012/12-2016/02，美国圣路易斯华盛顿大学医学院，助理教授

2009/07-2012/11，荷兰莱顿大学医学院，助理教授

叶凯 荷兰莱顿大学客座教授，2017

叶凯 中国生物工程学会成员 2017

叶凯 国际基因组结构变异计划短插入缺失变异课题组组长 2016

叶凯 计算生物学与生物信息学专业委员会委员 2016

叶凯 遗传与发育协同创新中心表型组学研究部PI 2016

叶凯 国际肿瘤基因组成员 2012

叶凯 美国肿瘤基因组路线图计划成员 2012

叶凯 “国际千人基因组计划”成员 2009 

基因组结构变异检测，生物医疗大数据有效挖掘，药用植物基因组学

[1] Kai Ye, Li Guo, Xiaofei Yang, Eric-Wubbo Lamijer, Keiran Raine, Copy Number Variants, Human Press, 2018

[2] Kai Ye, Zemin Ning, Next-generation Sequencing: Current Technologies and Applications, Caister Academic Press, 2014

[1] Li Guo#, Thilo Winzer#, Xiaofei Yang#, Yi Li#, Zemin Ning#, Zhesi He, Roxana Teodor, Ying Lu, Tim A. Bowser, Ian A. Graham*, Kai Ye*, The opium poppy genome and morphinan production, Science, 2018.8.30, DOI: 10.1126/science.aat4096

[2] Ye, Kai，Wang, Jiayin，Jayasinghe, Reyka，Lameijer, Eric-Wubbo，McMichael, Joshua F，Ning, Jie，McLellan, Michael D，Xie, Mingchao，Cao, Song，Yellapantula, Venkata，Huang, Kuan-Lin，Scott, Adam，Foltz, Steven，Niu, Beifang，Johnson, Kimberly J，Moed, Matthijs，Slagboom, P Eline，Chen, Feng，Wendl, Michael C，Ding, Li，Systematic discovery of complex insertions and deletions in human cancers.，Nat Med，2016.1.01，22（1）：97~104

[3] Kroon, M，Lameijer, E W，Lakenberg, N，Hehir-Kwa, J Y，Thung, D T，Slagboom, P E，Kok, J N，Ye, Kai(*)，Detecting dispersed duplications in high-throughput sequencing data using a database-free approach.，Bioinformatics，2016.2.15，32（4）：505~510

[4] Jayne Y. Hehir-Kwa(#)，Tobias Marschall(#)，Wigard P. Kloosterman ，Laurent C. Francioli，Jasmijn A. Baaijens，Louis J. Dijkstra，Abdel Abdellaoui，Vyacheslav Koval，Djie Tjwan Thung，Rene ́ Wardenaar，Ivo Renkens，Bradley P. Coe，Patrick Deelen，Joep de Ligt，Eric-Wubbo Lameijer，Freerk van Dijk，Fereydoun Hormozdiari，The Genome of the Netherlands Consortium，Andre ́ G. Uitterlinden，Cornelia M. van Duijn，Evan E. Eichler，Paul I.W. de Bakker，Morris A. Swertz，Cisca Wijmenga，Gert-Jan B. van Ommen，P. Eline Slagboom，Dorret I. Boomsma，Alexander Scho ̈nhuth，Kai Ye，Victor Guryev，A high-quality human reference panel reveals the complexity and distribution of genomic structural variants，Nature communications，2016.01.01，7

[5] Sudmant, Peter H(#)，Rausch, Tobias(#)，Gardner, Eugene J(#)，Handsaker, Robert E (#)，Abyzov, Alexej(#)，Huddleston, John(#)，Zhang, Yan(#)，Ye, Kai(#)，Jun, Goo，Hsi-Yang Fritz, Markus，Konkel, Miriam K，Malhotra, Ankit，Stutz, Adrian M，Shi, Xinghua，Paolo Casale, Francesco，Chen, Jieming，Hormozdiari, Fereydoun，Dayama, Gargi，Chen, Ken，Malig, Maika，Chaisson, Mark J P，Walter, Klaudia，Meiers, Sascha，Kashin, Seva，Garrison, Erik，Auton, Adam，Lam, Hugo YK，Jasmine Mu, Xinmeng，Alkan, Can，Antaki, Danny，Bae, Taejeong，Cerveira, Eliza，Chines, Peter，Chong, Zechen，Clarke, Laura，Dal, Elif，Ding, Li，Emery, Sarah，Fan, Xian，Gujral, Madhusudan，Kahveci, Fatma，Kidd, Jeffrey M，Kong, Yu，Lameijer, Eric-Wubbo，McCarthy, Shane，Flicek, Paul，Gibbs, Richard A，Marth, Gabor，Mason, Christopher E，Menelaou, Androniki，Muzny, Donna M，Nelson, Bradley J，Noor, Amina，Parrish, Nicholas F，Pendleton, Matthew，Quitadamo, Andrew，Raeder, Benjamin，Schadt, Eric E，Romanovitch, Mallory，Schlattl, Andreas，Sebra, Robert，Shabalin, Andrey A，Untergasser, Andreas，Walker, Jerilyn A，Wang, Min，Yu, Fuli，Zhang, Chengsheng，Zhang, Jing，Zheng-Bradley, Xiangqun，Zhou, Wanding，Zichner, Thomas，Sebat, Jonathan，Batzer, Mark A，McCarroll, Steven A，Mills, Ryan E，Gerstein, Mark B，Bashir, Ali，Stegle, Oliver，Devine, Scott E，Lee, Charles，Eichler, Evan E(*)，Korbel, Jan O(*)，An integrated map of structural variation in 2,504 human genomes.，Nature，2015.10.1，526（7571）：75~81

[6] Kloosterman, Wigard P(#)，Francioli, Laurent C(#)，Hormozdiari, Fereydoun，Marschall, Tobias，Hehir-Kwa, Jayne Y，Abdellaoui, Abdel，Lameijer, Eric-Wubbo，Moed, Matthijs H，Koval, Vyacheslav，Renkens, Ivo，van Roosmalen, Markus J，Arp, Pascal，Karssen, Lennart C，Coe, Bradley P，Handsaker, Robert E，Suchiman, Eka D，Cuppen, Edwin，Thung, Djie Tjwan，McVey, Mitch，Wendl, Michael C，Uitterlinden, Andre，van Duijn, Cornelia M，Swertz, Morris A，Wijmenga, Cisca，van Ommen, GertJan B，Slagboom, P Eline，Boomsma, Dorret I，Schonhuth, Alexander，Eichler, Evan E，de Bakker, Paul I W，Ye, Kai(*)，Guryev, Victor(*)，Characteristics of de novo structural changes in the human genome.，Genome Res，2015.6.01，25（6）：792~801

[7] Niu, Beifang(#)， Ye, Kai(#) (*)，Zhang, Qunyuan，Lu, Charles，Xie, Mingchao，McLellan, Michael D，Wendl, Michael C，Ding, Li ，MSIsensor: microsatellite instability detection using paired tumor-normal sequence data.，Bioinformatics，2014.4.1，30（7）：1015~1016

[8] Ye, Kai，Beekman, Marian，Lameijer, Eric-Wubbo，Zhang, Yanju，Moed, Matthijs H，van den Akker, Erik B，Deelen, Joris，Houwing-Duistermaat, Jeanine J，Kremer, Dennis，Anvar, Seyed Yahya，Laros, Jeroen F J，Jones, David，Raine, Keiran，Blackburne, Ben，Potluri, Shobha，Long, Quan，Guryev, Victor，van der Breggen, Ruud，Westendorp, Rudi G J，'t Hoen, Peter A C，den Dunnen, Johan，van Ommen, Gert Jan B，Willemsen, Gonneke，Pitts, Steven J，Cox, David R，Ning, Zemin，Boomsma, Dorret I(*)，Slagboom, P Eline(*)，Aging as accelerated accumulation of somatic variants: whole-genome sequencing of centenarian and middle-aged monozygotic twin pairs.，Twin Research and Human Genetics，2013.12.01，16（6）：1026~1032

[9] Mills, Ryan E(#)，Walter, Klaudia(#)，Stewart, Chip(#)，Handsaker, Robert E(#)，Chen, Ken(#)，Alkan, Can(#)，Abyzov, Alexej(#)，Yoon, Seungtai Chris(#)，Ye, Kai(#)，Cheetham, R Keira，Chinwalla, Asif，Conrad, Donald F，Fu, Yutao，Grubert, Fabian，Hajirasouliha, Iman，Hormozdiari, Fereydoun，Iakoucheva, Lilia M，Iqbal, Zamin，Kang, Shuli，Kidd, Jeffrey M，Konkel, Miriam K，Korn, Joshua，Khurana, Ekta，Kural, Deniz，Lam, Hugo Y K，Leng, Jing，Li, Ruiqiang，Li, Yingrui，Lin, Chang-Yun，Luo, Ruibang，Mu, Xinmeng Jasmine，Nemesh, James，Peckham, Heather E，Rausch, Tobias，Scally, Aylwyn，Shi, Xinghua，Stromberg, Michael P，Stutz, Adrian M，Urban, Alexander Eckehart，Walker, Jerilyn A，Wu, Jiantao，Zhang, Yujun，Zhang, Zhengdong D，Batzer, Mark A，Ding, Li，Marth, Gabor T，McVean, Gil，Sebat, Jonathan，Snyder, Michael，Wang, Jun，Ye, Kenny，Eichler, Evan E，Gerstein, Mark B，Hurles, Matthew E，Lee, Charles，McCarroll, Steven A，Korbel, Jan O(*)，Mapping copy number variation by population-scale genome sequencing.，Nature，2011.2.3，470（7332）：59~65

[10] Yanju Zhang，Eric-Wubbo Lameijer，Peter Hoen，Zemin Ning，Slagboom P Eline，Kai Ye(*)，PASSion: a pattern growth algorithm-based pipeline for splice junction detection in paired-end RNA-Seq data.，Bioinformatics，2012.2.15，28（4）：479~486

[11] Kai Ye，Zhenyu Jia，Yipeng Wang，Paul Flicek，Rolf Apweiler，Mining unique-m substrings from genomes，Journal of Proteomics and Bioinformatics，2010.01.01，3（3）：99~100

[12] 1000 Genomes Project Consortium(#)，A global reference for human genetic variation，Nature，2015.01.01，526（7571）：68~74

[13] Cancer Genome Atlas Research Network(#)，Comprehensive molecular profiling of lung adenocarcinoma，Nature，2014.01.01，511（7511）：543~550

[14] Cancer Genome Atlas Research Network(#)，Integrated genomic characterization of endometrial carcinoma，Nature，2013.01.01，497（7447）：67~73

[15] 1000 Genomes Project Consortium(#)，An integrated map of genetic variation from 1,092 human genomes，Nature，2012.01.01，491（7422）：56~65

[16] 1000 Genomes Project Consortium(#)，A map of human genome variation from population-scale sequencing，Nature，2010.01.01，467（7319）：1061~1073

[17] Genome of the Netherlands Consortium ，Whole-genome sequence variation, population structure and demographic history of the Dutch population，Nature Genetics，2014.01.01，46（8）：818~825

[18] Kandoth, Cyriac ，McLellan, Michael D ，Vandin, Fabio，Ye, Kai，Niu, Beifang，Lu, Charles，Xie, Mingchao，Zhang, Qunyuan，McMichael, Joshua F，Wyczalkowski, Matthew A，Leiserson, Mark D M，Miller, Christopher A，Welch, John S，Walter, Matthew J，Wendl, Michael C，Ley, Timothy J，Wilson, Richard K，Raphael, Benjamin J，Ding, Li，Mutational landscape and significance across 12 major cancer types.，Nature，2013.10.17，502（7471）：333~339

[19] MacArthur, Daniel G，Balasubramanian, Suganthi，Frankish, Adam，Huang, Ni，Morris, James，Walter, Klaudia，Jostins, Luke，Habegger, Lukas，Pickrell, Joseph K，Montgomery, Stephen B，Albers, Cornelis A，Zhang, Zhengdong D，Conrad, Donald F，Lunter, Gerton，Zheng, Hancheng，Ayub, Qasim，DePristo, Mark A，Banks, Eric，Hu, Min，Handsaker, Robert E，Rosenfeld, Jeffrey A，Fromer, Menachem，Jin, Mike，Mu, Xinmeng Jasmine，Khurana, Ekta，Ye, Kai，Kay, Mike，Saunders, Gary Ian，Suner, Marie-Marthe，Hunt, Toby，Barnes, If H A，Amid, Clara，Carvalho-Silva, Denise R，Bignell, Alexandra H，Snow, Catherine，Yngvadottir, Bryndis，Bumpstead, Suzannah，Cooper, David N，Xue, Yali，Romero, Irene Gallego，Wang, Jun，Li, Yingrui，Gibbs, Richard A，McCarroll, Steven A，Dermitzakis, Emmanouil T，Pritchard, Jonathan K，Barrett, Jeffrey C，Harrow, Jennifer，Hurles, Matthew E，Gerstein, Mark B，Tyler-Smith, Chris，A systematic survey of loss-of-function variants in human protein-coding genes.，Science，2012.2.17，335（6070）：823~828

[1] 国家重点研发计划“精准医学研究”专项，2018YFC0910400，精准医学大数据的有效挖掘与关键信息技术研发，2018/07-2020/12,1433万元，在研，课题负责人

[2] 国家重点研发计划“精准医学研究”专项，2017YFC0907500，中国人群多组学参比数据库与分析系统建设，2017/01—2020/12，8985万元，在研，参与

[3] 国家自然基金面上项目，31671372，基因组复杂变异的检测算法和应用，2017.1-2020.12，65万元，在研，主持

[4] NWO VENI, 639 021 125, novel algorithms for genome sequence analysis, 2012.1-2014.12, 639 021 125, ¥180万元，结题，主持

[5] BBMRI-NL rainbow, 671237-03, pipelines for discovery of indels and structural variants within BBMRI-GoNL, 2011.4-2014.3, ¥75.6万，结题，主持

[6] BBMRI-NL complementation, CP2011-36, validation of short indel, complex structural variants and copy number variants identified in GoNL sequence data of 250 trios, 2011.1-2014.12，¥72.8万元，结题，主持

[7] NGI/EBI, 050-72-436, novel algorithms for protein sequence analysis, 2008.7-2009.6, ¥25.9万元，结题，主持

无

无

[1] Pindel软件1.0 2016SR171040 西安交通大学

[2] Pindel软件2.0 2016SR 170273 西安交通大学

[3] Pindel软件3.0 2016SR 170271 西安交通大学

[1] 提出的检测模型和理论以及具体的算法软件Pindel被国际同行长期追踪、比较、应用；开发了国际上首个可以精确挖掘基因系列变异类型的检测系统，对该领域的理论和方法学研究具有重要引领性；

[2] 国际上首次破译了鸦片罂粟的基因组：采用多种前沿测序技术和模型算法，获得了国际上首个高质量鸦片罂粟的全基因组草图，揭示了罂粟物种进化历史中的主要基因组加倍和变异重组事件，阐明了吗啡类生物碱合成基因簇的形成机制，为进一步研究利用罂粟的药用价值奠定了重要基础。研究成果发表于国际顶级期刊《Science》。